Identificación molecular de Aspergillus fumigatus aislados de pacientes con aspergilosis invasiva / Molecular identification of Aspergillus fumigatus isolated from patients with invasive aspergillosis

RESUMEN El objetivo del estudio fue identificar molecularmente cepas de aspergillus aislados de pacientes con aspergilosis invasiva (AI), que fueron tipificadas primariamente como Aspergillus fumigatus sensu lato por métodos fenotípicos convencionales. Se trabajó con 20 cepas de la micoteca de la sección de micología del Instituto de Medicina Tropical "Daniel A. Carrión". Para obtener el ADN fúngico se emplearon las técnicas de choque térmico, tratamiento enzimático y columnas de silica-gel; y se almacenó a -20 0C para conservarlo. En el procedimiento de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) se incluyeron primers marcados con fluorocromo, los cuales amplificaron las secuencias específicas de A. fumigatus. La fluorescencia se midió con el termociclador al final de la fase de hibridación de cada ciclo. Se identificó molecularmente que sólo el 50% de las cepas estudiadas pertenecen a la especie Aspergillus fumigatus sensu stricto.

ABSTRACT The objective of the study was to identify molecularly-isolated strains of Aspergillus from patients with invasive aspergillosis (IA); these strains were primarily typed as Aspergillus fumigatus sensu lato by conventional phenotypic methods. We worked with 20 strains from the mycology section of the Institute of Tropical Medicine "Daniel A. Carrión." To obtain the fungal DNA, thermal shock, enzymatic treatment, and silica gel column techniques were used; and it was stored at -20°C to preserve it. The real-time polymerase chain reaction (qPCR) procedure included fluorochrome-labeled primers, which amplified the specific sequences of A. fumigatus. Fluorescence was measured with the thermocycler at the end of the hybridization phase of each cycle. It was molecularly-identified that only 50% of the strains studied belong to the species Aspergillus fumigatus sensu stricto.

Chlamydia trachomatis infection and associated risk factors in a low-income marginalized urban population in coastal Peru / Infección por Chlamydia trachomatis y factores de riesgo asociados en una población marginal urbana de bajos ingresos de la costa peruana

OBJECTIVES: To estimate Chlamydia trachomatis (CT) infection prevalence and associated risk factors among a low-income marginalized urban population in Peru. METHODS: Between April 2003 and April 2005, men and women at high-risk for sexually transmitted infections (STIs) were recruited from low-income urban areas in three coastal cities in Peru (Chiclayo, Lima, and Trujillo). Consenting participants were studied using a sero-epidemiologic survey. Urine and vaginal swabs collected from men and women were evaluated using polymerase chain reaction (PCR) (COBAS® AMPLICOR (CT/NG) Test, Roche Molecular Diagnostics, Branchburg, NJ, USA) for CT. RESULTS: Among the 2 440 participants recruited for the study (2 145 men and 295 women), overall prevalence of CT infection was 6.6 percent (95 percent CI, 5.6-7.6 percent): 5.5 percent (95 percent CI, 4.5-6.5 percent) in men and 14.9 percent (95 percent CI, 11.7-27.1 percent) in women. Chlamydial infection was inversely associated with age and positively associated with HIV infection and dysuria in men. Among women, chlamydial infection was inversely associated with age and positively associated with number of sex partners. CONCLUSIONS: CT infection was common among high-risk men and women in urban coastal Peru. Because chlamydial infection is associated with complications related to female reproduction, including infertility and ectopic pregnancy, interventions to prevent and treat infection and studies to determine the feasibility of population-based screening for CT should be conducted among the high-risk female population.

OBJETIVOS: Estimar la prevalencia de la infección por Chlamydia trachomatis y los factores de riesgo asociados en una población marginal urbana de bajos ingresos de Perú. MÉTODOS: Entre abril de 2003 y abril de 2005 se captaron hombres y mujeres con alto riesgo de contraer infecciones de transmisión sexual, en áreas urbanas de bajos ingresos de tres ciudades costeras de Perú (Chiclayo, Lima y Trujillo). Los participantes que aceptaron colaborar respondieron una encuesta seroepidemiológica y se analizaron muestras de orina de los hombres y exudados vaginales de las mujeres mediante la reacción en cadena de la polimerasa con el sistema para C. trachomatis COBAS® AMPLICOR (Roche Molecular Diagnostics, NJ, EE.UU.) RESULTADOS: En el estudio participaron 2 440 personas (2 145 hombres y 295 mujeres). La prevalencia general de infección por C. trachomatis fue de 6,6 por ciento (intervalo de confianza de 95 por ciento [IC95 por ciento]: 5,6 a 7,6 por ciento): 5,5 por ciento (IC95 por ciento: 4,5 a 6,5 por ciento) en hombres y 14,9 por ciento (IC95 por ciento: 11,7 a 27,1 por ciento) en mujeres. La infección por clamidia se asoció inversamente con la edad y directamente con la infección por VIH y la disuria en los hombres. En las mujeres, esta infección se asoció inversamente con la edad y directamente con el número de parejas sexuales. CONCLUSIONES: La infección por C. trachomatis fue frecuente en los hombres y mujeres con alto riesgo en las zonas urbanas costeras de Perú. Como esta infección está asociada con complicaciones que afectan la salud reproductiva de las mujeres, como infertilidad y embarazos ectópicos, se deben realizar intervenciones para prevenir y tratar la infección por C. trachomatis y se deben emprender estudios para determinar la factibilidad del tamizaje general de esta infección en la población femenina de alto riesgo.